L’histoire de Shisha no Teikoku se déroule dans l’Europe du 19e siècle, et s’articule autour de John Watson avant qu’il ne soit le partenaire de Sherlock Holmes. Il est repéré par le gouvernement pour devenir un agent secret. Cependant, Watson vit dans un monde où les Frankenstein ne sont pas une légende. Ce sont des cadavres humains qui sont re-conçu avec une fausse âme afin de les utiliser comme main d’oeuvre pour améliorer le développement industriel.
