L’histoire commence au siège de Nichiuri TV, où a lieu le concours national de jeu de cartes karuta, la coupe Satsuki. Un attentat à la bombe est déclenché et Heiji et Kazuha se retrouvent bloqués à l’intérieur du bâtiment en flammes. Ils sont sauvés in-extremis par Conan. Peu après, ils rencontrent Ooka Momiji, une belle jeune fille ayant des vues sur Heiji, et qui se trouve également être la championne de karuta du Lycée de Kyoto. Celle-ci et Kazuha doivent s’affronter pendant le concours. Kazuha s’entraîne avec Shizuka, la mère de Heiji, ancienne championne de karuta. Parallèlement, en banlieue de Kyoto à Arashiyama, le détenteur du titre de Champion de la coupe Satsuki est retrouvé assassiné chez lui. La scène du crime comporte des images de Momiji et des cartes de karuta sont retrouvées près du corps. Conan et Heiji démarrent leur enquête autour de la coupe Satsuki et du meurtre qui lui est lié. Au cours de leurs investigations, ils découvrent un secret sur le concours…
