XVIème siècle, le Japon féodal est au bord de la destruction, luttant désespérément contre la force dévastatrice et inimaginable d’un seigneur sanguinaire et sans pitié qui massacre toute opposition à grands coups de laser, roquettes et autres armes toutes sorties d’un autre temps. Avec le concours de Ginnai Doma, démon samouraï immortel en quête de vengeance, il est sur le point d’asservir les dernières forces résistantes. C’est dans ce contexte que les ultimes survivants des clans ninjas se regroupent en vue de lutter contre ce fléau technologique. La rage du jeune Shishimaru suffira-t-elle pour abattre ce pourfendeur bestial qui apparaît à tous comme invincible ?