Ce qui ne devait absolument pas arriver est arrivé : l’organisation a découvert l’identité de Conan Edogawa/Shinichi Kudo ! Et ce n’est pas tout : elle a aussi l’intention de tuer toutes les personnes qui sont proches de Conan (les détective Boys, le professeur Agasa, l’inspecteur Megure et bien sûr Ran… ), de peur que l’un d’entre eux révèle l’existence de l’organisation qui est censée rester secrète !
Conan va-t-il réussir à déjouer une fois de plus le plan de l’organisation ? Ran et tous les autres vont-ils sortir indemnes de cette spirale d’ennuis ?
