L’histoire raconte les déboires de Gintoki Sakata, ancien samuraï excentrique et de ses 2 acolytes Shinpachi Shimura, qui devient son apprenti, et Kagura, une jeune fille à la force surhumaine. Ensemble, ils travaillent comme homme à tout faire pour gagner leur vie et aider la population. Mais Gintoki est rattrapé inévitablement par son sombre passé.
