L’histoire de L’éclat de Hathaway se déroule en l’an 105 de l’Universal Century. Malgré les guerres sanglantes qui ont ravagé l’espace et la terre durant les dernières décennies, l’humanité ne semble pas prête à arrêter les conflits : une nouvelle entité terroriste, Mafty, dirigée par le mystérieux Mafty Navue Erin, sème le trouble en attaquant la Fédération Terrienne qui n’hésite pas à user de la force pour conserver son hégémonie, et souhaite poursuivre les idéaux de Char Aznable. Dans ce contexte, Hathaway Noa, jeune héros de la seconde guerre de Neo Zeon (les événements de Char’s Counterattack) encore traumatisé par ce conflit, est tiraillé entre deux héritages : celui de Amuro Ray et celui de Char Aznable. Sa rencontre avec l’énigmatique Gigi Andalucia et le militaire Kenneth Sleg lors d’un détournement terroriste d’un avion organisé par une branche de l’organisation Mafty changera pour sûr son destin…