Sacha (Ash), Ondine (Misty) et Pierre (Brock) continuent l’exploration de la région Johto. Ils devront aussi tenter de retrouver Pikachu, qui a été enlevé par Jessie et James sauf que celui-ci se venge en les électrocutant. De son côté, l’infâme Giovanni complote afin de capturer de nouveau Mewtwo, avec l’intention de tenter de créer une nouvelle armée de Pokémon.
