Dans un futur lointain où les nanomachines permettent une connexion neurale directe avec le réseau cybernétique, Remu découvre que sa sœur, Shiki, fait partie de ces gens qui laissent leur corps en état de sommeil pendant que leur esprit circule librement à travers le réseau. Cependant, un jour, un phénomène d’ampleur mondial, par la suite appelé Early Rupture, plonge les utilisateurs d’un certain espace virtuel dans un état végétatif, y compris Shiki.
