Une nuit, la police japonaise est attaquée par un espions et des dossiers classés top secrets manquent d’être volés. Heureusement, Tooru Amuro et ses sbires de l’agence de sécurité publique interviennent et évitent le pire. Lorsque l’espion tente de prendre la fuite, sa voiture est touchée par balle et il est arrêté par Shuichi Akai, agent du FBI. Le lendemain matin, alors que Conan est en visite à un aquarium à la capitale, il fait la rencontre d’une étrange jeune femme qui souffre d’amnésie… Il promet alors de rester avec elle pour l’aider à recouvrir la mémoire, mais la jeune femme pourrait bien ne pas être celle qu’elle prétend…
