Le professeur Layton vient d’être contacté par une ancienne élève, la jeune cantatrice Janice Quatlane car celle-ci dit avoir aperçu sa meilleure amie réincarnée dans le corps d’une fillette de 7 ans. En bon gentleman, le professeur ne peut laisser une demoiselle en détresse. Accompagné de son jeune disciple Luke, ils se rendent au « Crown Petone », le plus célèbre opéra du monde. Mais la représentation devient un jeu dangereux composé d’énigmes, visant à ne laisser qu’un seul survivant qui se verra octroyer la vie éternelle.
