Ce film se déroule dans la forêt d’Okoya, une réserve de Pokémon protégée par des règles strictes qui interdisent à quiconque d’y pénétrer. Koko, un garçon élevé par un Pokémon qui se considère lui-même comme tel, considère Zarude, Pokémon fabuleux, comme son père. Sacha et Pikachu croisent la route de ce garçon au cours de leurs aventures. Le thème principal de cet opus porte sur « un humain élevé par un Pokémon » à l’instar du précédent film qui mettait l’accent sur « la relation entre dresseur et Pokémon ».
