Lors d’une mystérieuse disparition d’un père pendant des fouilles archéologiques, sa jeune fille, Molly, joue avec les découvertes de son père, ce qui va libérer les Zarbi, des Pokémon en formes de lettres d’un autre univers. Ces derniers réalisent son vœu, en lui donnant un père en la personne d’Entei. Puis les catastrophes arrivent et les Zarbi cristallisent le manoir de Molly, puis la ville de Greenfield. Lorsque Entei prend en otage la mère de Sacha, ce dernier et ses amis décident de pénétrer dans cette tour de cristal pour la délivrer…
