Des chercheurs découvrent par hasard une ancienne civilisation, et avec elle, un message d’avertissement : « Que les arts créés dans les ténèbres infinies retournent dans les ténèbres infinies ». Une phrase bien obscure, qui prend à peine plus de sens lorsqu’on sait que cette civilisation, incroyablement avancée techniquement, a été détruite par sa technologie, qu’elle ne maîtrisait plus. Une organisation a été crée pour protéger l’humanité des restes de cette civilisation que l’on commence à retrouver un peu partout sur la planète. Ses membres s’appellent les Spriggan et l’élément numéro 1 de cette division (puisqu’il s’agit clairement d’une armée) est un jeune garçon de 17 ans : Ominae Yu. En sa qualité de tête brûlée, il va donc foncer en Turquie lorsqu’il apprend qu’on y a retrouvé l’arche de Noé, arche qui semble non seulement avoir d’étranges pouvoir, mais aussi qui semble être terriblement convoitée par le gouvernement américain.
